Jabatan Agama Islam Wilayah Persekutuan Labuan telah ditubuhkan pada 16 April 1984 dan mempunyai 7 cawangan iaitu:
Cawangan Khidmat Pengurusan
Cawangan Penguatkuasaan
Cawangan Pelajaran
Cawangan Pengurusan Masjid
Cawangan Perkahwinan Dan Pembangunan Keluarga
Cawangan Pengurusan Dakwah
Cawangan Penyelidikan
FUNGSI
CAWANGAN KHIDMAT PENGURUSAN
Mengurus Kewangan Jabatan.
Mengurus Perolehan Jabatan.
Mengurus Hal-Ehwal Pentadbiran.
Mengurus Pembangunan Sumber Manusia.
CAWANGAN PENGUATKUASAAN
Berusaha memenuhi kehendak pelanggan melalui sistem penggunaan yang telus, cekap, berhikmah, berani, berkesabaran tinggi dan berbudi bahasa.
Berusaha memberi kefahaman yang tinggi kepada anggota bahagian dan masyarakat bahawa penguatkuasaan undang-undang hanyalah sebahagian kecil dari cabang-cabang tugas mencegah kemungkaran.
Melaksanakan tugas-tugas yang melibatkan penguatkuasaan undang-undang dengan penuh bertanggungjawab, efisien,cepat, cekap dan betul mengikut proseduur yang ditetapkan.
Memberi perkhidmatan yang cekap dan telus terhadap semua permasalahan yang melibatkan kepentingan agama Islam dan orang melayu di Wilayah Persekutuan.
CAWANGAN PELAJARAN
Merancang dan mengurus sistem pengurusan dan pentadbiran Sekolah Rendah Agama Islam (SRA).
Mengurus dan menyelaras penempatan guru-guru SRA dan KAFA sepenuh masa.
Merancang, mengurus, dan menyelaras aktiviti-aktiviti tahunan sekolah.
Mengurus dan menyelaras permohonan atau terimaan bantuan baik pulih, peralatan dan Bahan Bantu Mengajar (BBM).
Merancang dan menyelaras pembangunan fizikal/ infrastruktur sekolah atau perancangan pembinaan sekolah/ bangunan baru.
Mengurus dan menyelaras Laporan Pengurusan Sekolah dan Laporan Kewangan Mengurus dan memproses permohonan penubuhan dan pendaftaran SRA dan KAFA.
CAWANGAN PENGURUSAN MASJID
Mewujudkan struktur organisasi yang berkesan dalam pentadbiran masjid dan surau.
Melahirkan masyarakat yang menghormati, menghayati dan menyintai masjid dan surau.
Melahirkan para pegawai dan kakitangan masjid dan surau yang terlatih dan bermaklumat.
Mempertingkatkan tahap kebersihan dan keceriaan masjid dan surau.
Mempertingkatkan tahap pengurusan dan pentadbiran tanah perkuburan.
CAWANGAN PERKAHWINAN DAN PEMBANGUNAN KELUARGA
Memberikan perkhidmatan yang berkesan kepada masyarakat dalam urusan pernikahan, perceraian dan ruju'.
Memberi khidmat nasihat yang berkesan dalam menyelesaikan masalah kekeluargaan Islam.
Untuk memperkukuhkan peranan institusi kekeluargaan Islam bagi menghadapi alaf baru selaras dengan tuntutan agama.
CAWANGAN PENGURUSAN DAKWAH
Melaksanakan dan bertanggungjawab menyebar dan memantapkan ajaran Islam kepada masyarakat dari segi akidah, ssyariah dan akhlak.
Merangka, merancang dan melaksanakan program turun padang atau lawatan ke rumah saudara baru Islam.
Merangka, merancang dan melaksanakan program Hari Kebesaran Islam.
CAWANGAN PENYELIDIKAN
Memproses permohonan pengesahan samak.
Memproses permohonan kebenaran menyembelih dan pemantauan pusat penyembelihan.
Menyediakan perkhidmatan pelupusan Al-Quran dan buku-buku agama yang lama.
Memantau aktiviti keagamaan dan isu-isu akidah.
Mengurus pelupusan teks Al-Quran.
Mengkaji dan menapis bahan-bahan penerbitan berunsur Islam yang disyaki bercanggah dengan ajaran Islam/ Ahli Sunnah Wal-Jamaah.
PERKHIDMATAN
Menyediakan tempat ibadah yang selesa.
Menyediakan tempat pendidikan Islam kepada kanak- kanak berumur 12 tahun melalui Tadika Islam dan Sekolah Rendah Agama Islam (SRA)
Menyediakan imam jurunikah yang bertauliah bagi setiap zon
Menyediakan pendaftar perkahwinan, penceraian dan ruju'
Menyediakan perkhidmatan pegawai rundingcara dan masalah keluarga
Menyediakan pendaftaran saudara baru
Menyediakan kelas- kelas pengajian tarannum
Menyediakan perkhidmatan kereta jenazah
Menyediakan kelas- kelas pengajian tarannum dan kafa